Cortex Command se passa no futuro, onde a humanidade se libertou dos corpos, permitindo que seus cérebros vagueiem livremente, habitando e controlando corpos artificiais. Você pode assumir o controle de diversos corpos alienígenas diferentes, em planetas distantes.

Mas não esqueça de coletar minérios enquanto se defende das outras formas de vida existentes. Neste jogo de ação e estratégia você pode lutar contra até 4 inimigos diferentes, em batalhas de até 6 minutos cada.